簡単に言えば「法と混沌の争いに破れた、混沌側の支配力が及ぶ世界」のこと。
法側に抑圧されている（＝神の十字架に縛られている）ため、現時層側から認識も知覚もできない時空間に存在する。
しかし、第2部の終盤で冥王神が復活し、混沌が現時層に顔を出したことで虚時層の封印が緩んだため、現時層に虚時層からアクセスが出来るようになった。
それが第3部のオープニングムービーのシーンである。
なお、虚時層のアイコンは「神の十字架」をビジュアル化したものと考えられる。

リィカは虚時層のセバス博士をモデルにしたアンドロイド。
虚時層マドカはあらゆる時層のマドカと精神をリンクさせられるため、各時層のマドカに働きかけてセバス博士タイプのアンドロイドを作成させた。
そのうち、現時層におけるセバス式アンドロイドがリィカである。
あらゆる時層にリィカは偏在するため、一つの時層の未来が書き換わってしまってもリィカの存在が揺らぐことはない。
第5章でクロノス博士の未来改変の影響を受けず、アルドと共に古代に来れたのはこのためである。

アシュティアは虚時層マドカの願いを叶えるため、唯一の子どもであったカムラナージュを虚時層から連れ出し、現時層へと攫っていった。
この時アシュティアが虚時層から脱出できたのは、図らずしも現時層のクロノス博士が未来改変を行った際に生まれた時層の歪みを利用したものだった。
（なお、同様の現象に巻き込まれたのが名無しの少女と考えられる）
その際、エルジオンから離れたイージアに彼を置いたのは、リィカのいるエルジオンに彼を置いてしまえば、すぐにクロノス皇帝に見つかってしまうと考えられたため。
その後、虚時層のマドカの元に戻ろうとするが、時空嵐に巻き込まれてAD300年より少し前のバルオキーに漂着し、科学者として過ごしていた。
そして、クロノス博士とマドカ博士の子どもであるアルドとフィーネを見ているうちに、逃げ出した過去と決着を付けなければならないと思うに至ったわけである。